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Industry information记者从中国科学院天津工业生物技术研究所(以下简称“天津工业生物所”)获悉,研究所生物设计中心平台实验室与亚马逊云科技合作,日前推出全球首个基于图数据库的大肠杆菌调控代谢关系知识图谱ERMer等20多项生物计算设计工具和软件应用。
据了解,天津工业生物所在2019年成立了生物设计中心平台实验室,围绕生物计算设计,开始与亚马逊云科技共同探索生物技术和信息技术相结合的技术体系,推动合成生物学发展。据天津工业生物所生物设计中心副主任廖小平介绍,天津工业生物所生物设计中心团队联合亚马逊云科技团队发布的全球首个基于图数据库Amazon Neptune的大肠杆菌调控代谢关系知识图谱ERMer,首次提供了全局的代谢调控图谱,并通过可视化框架实现了丰富的搜索功能,如多步查询、最短路径查询等。“为充分发挥知识图谱的价值,生物设计中心团队还进一步采用基于图神经网络技术进行推理,成功实现了转录因子预测和转录因子靶点预测等功能,为研究人员提供新的思路和方向。”廖小平说。
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